南京博物院和南京博物馆在级别、展品数量和侧重点上存在明显区别。
首先，南京博物院属于省级博物馆，是中国三大博物馆之一，创建于1933年，前身是国立中央博物院筹备处。它是一座大型综合性的历史与艺术类博物馆，位于南京城东中山门内中山东路321号，占地约13万平方米。馆内藏品高达42余万件，包括各种珍贵的艺术品、历史文物和考古发现，是集参观、研究、教育为一体的综合性机构。
南京博物院常设展览有历史馆、艺术馆、特展馆、数字馆、民国馆和非遗馆等六个部分。历史馆常设“江苏古代文明展”，艺术馆则按照艺术品的质地分类展陈馆藏珍品。特展馆重点打造一流水平的精品展览，非遗馆则通过动态方式展示江苏省国家级非物质文化遗产名录项目。民国馆重点展示民国时期首都南京的社会生活风情，数字馆则以网络科技和现场互动相结合的方式，带给观众全新的古代文明体验。
相比之下，南京市博物馆属于市级博物馆，是一座综合性的历史艺术类博物馆，馆址为朝天宫，是江南地区最大的官式古建筑群，并是全国重点文物保护单位之一。南京市博物馆的常设展览有《龙蟠虎踞——南京城市史展》、《玉堂佳器——馆藏精品展》、《云裳簪影——馆藏宋明服饰展》等。
总的来说，南京博物院以其丰富多样的展品和深入的研究成果，成为了全国最具影响力的博物馆之一，而南京市博物馆则以其独特的地理位置和展览内容，为游客提供了了解南京历史和文化的重要窗口。
